冻干机冷冻原料经过精选、浸泡、整形、装盘等前期加工工艺后，可以登录冷冻干燥过程。冷冻干燥必须先将冷冻干燥的原料冷冻，并将放置原料的托盘放入冻干机中冷冻(有些冻干机不具备冷冻效果，需要单独配备冷冻库)。冷冻加工工艺有下列几类：

　　浸泡方法:将原料浸泡在液氮、液态氟利昂、超低温盐溶液等物质中，进行快速冷冻清洗。这种方法冷冻和清洗速度更快。

　　风冷法:将超低温和冷空气吹到原料上，使原料在规定的时间内被冷冻和清洗到所需的温度。

　　直接冷却法:将制冷剂或制冷剂放在挥发管道中，被消化吸收的原料热值超过制冷目的。

　　真空泵制冷方法:真空包装是用来挥发原料中的水，以消除热值，水冷却的原料超出了制冷的目的。无论采用哪种方法，都应在不变形的前提下，在规定的时间内将原材料冷冻并清洗至所需的温度。

　　为了确保原料中的冰不会融化并立即蒸发(升级)，并且气体将被连续移除以确保升级的正常进行，罐中的真空值必须小于冰在一定温度下的饱和蒸汽压(低于610帕)。

　　冷阱的选择是为了捕捉水蒸气，减少进口真空泵的负荷。该设计方案的有效冷阱基础不易导致进口真空泵失效，能耗低，但制冷机组和冷阱的设计方案相对严格。

　　随着上升气体从冰中的持续去除，原料的热值也被带走，导致原料的温度(冰的温度)持续下降，从而降低引入冰的饱和蒸气压并减缓上升速度。为了保持必要的增长率，有必要向原材料连续供热。如果热值填充太少，增加的速度将会降低。如果热值填充得太快，冰会融化，原料会坍塌，冷冻干燥不成功。

由于冻干机的整个冻干过程复杂，工作态度范围狭窄，一旦出现差错，冻干产品的质量就会下降，因此需要自动控制系统软件。冷冻干燥机自动控制系统的设计规定实际操作简单。从原料输入开始，冷冻真空泵将一次加热至干，提醒冷冻干燥机等待冷冻干燥后的进料。应仔细选择和有效操作温度和工作压力的相关参考点。应正确处理冷冻、真空泵维护和加热之间的关系。应对不同的原料设定加工工艺曲线。